O princípio iluminador de toda formação é o Seguimento de Nosso Senhor Jesus Cristo conforme o estilo de vida criada e expresso por São Francisco de Assis, nele Madre Alphonsa se inspirou para definir o Carisma próprio da Congregação: O espírito de Misericórdia, a Identidade da Irmã Franciscana de São José.
A Formação inicial realiza-se em fraternidade e é organizada em etapas: Aspirantado, Postulantado, Noviciado e Juniorato.
A Formação da Irmã Franciscana de São José é um itinerário, um processo, um caminho evangélico no qual são cultivados os valores fundamentais da consagração religiosa. Todo fazer está orientado para o crescimento no espirito de oração e devoção, na vida fraterna, no misericordioso modo de servir e trabalhar e na missão de testemunhar e anunciar o Evangelho e, nisso tudo, aprender a ser Irmã Franciscana de São José.
A Formação inicial é um tempo privilegiado em que a Irmã e a Fornanda, vivendo em Fraternidade, com o acompanhamento de Irmãs formadoras, inicia-se no seguimento de Jesus Cristo segundo a forma de vida das irmãs Franciscanas de São José e começa a ser irmã, assumindo e integrando seus dons pessoais aos valores próprios da vida franciscana e do Carisma da Congregação.
